La découverte des mosaïques romaines du musée de Besançon s'étale sur trente ans. En 1973, la construction d'un bâtiment pour EDF-GDF permit de dégager la moitié de la mosaïque de Neptune. En 2004, les fouilles menées lors de la construction du collège Lumière dégagèrent quatre autres mosaïques au sein d'un grand et riche bâtiment romain d'une superficie évaluée au minimum à 3600 m2. On ignore la fonction de cet édifice, mais, avec ses grandes pièces, son décor de mosaïques, ses portiques à colonnades et ses jardins intérieurs, son rôle dans la Vesontio romaine devait être important. Les archéologues ont essayé de redonner vie à cet ensemble avec des maquettes (photo ci-dessous).
Source : Panneau d'information du musée

Cette œuvre du Bronzino a été commandée par le duc Cosme Ier de Médicis, livrée en 1545, et presque aussitôt offerte en cadeau diplomatique à Nicolas Perrenot de Granvelle, garde des Sceaux de l'Empereur Charles Quint, pour orner son palais à Besançon. Source : Panneau d'information du musée.

Un panneau du musée indique que ce triptyque «servait sans doute de retable dans l'oratoire du palais bisontin de Nicolas Perrenot de Granvelle (...); ses armoiries figurent sur l'extérieur des volets.»

«Les Enfers» est un tableau rapporté de Naples dans les malles de la Grande Armée en 1814. Derrière Monsù Desiderio se cachent en fait deux artistes français de Metz : Didier Barra (paysagiste) et François de Nomé (spécialiste de l'architecture fantastique). De Nomé s'est formé à Rome, au contact de Tempesta et de Jacques Callot. Le thème des enfers est largement répandu à la Renaissance parmi les peintres nordiques. À la fin du XVIe siècle, Brueghel peint un Inferno pour le cardinal Borromée, ce qui va faciliter la diffusion de ce thème en Italie. Il s'agit bien sûr des enfers sortis de l'imaginaire antique. On voit d'ailleurs au premier plan, à gauche, Pluton et Proserpine qui contemplent l'agitation de leur royaume. On retrouve les intervenants habituels : l'Achéron, Charon et sa barque, le chien Cerbère ainsi que les morts laissés sans sépulture et qui errent au grès des vents qui balaient le royaume souterrain.
Source : Panneau d'information du musée

Ce tableau est le seul nu de Delaroche, peintre très connu au XIXe. La peinture de cette jolie femme nue dans une vasque a laissé perplexes les historiens d'art. Comment l'interpréter? Est-ce Sapho? Est-ce Eurydice? Le peintre était encore sous le coup du décès de sa jeune épouse.

Le musée des Beaux-Arts et d'Archéologie de Besançon compte aussi une grande vitrine de céramiques. On y trouve, entre autres, des faïences de Delft, des majoliques italiennes et des faïences de Nevers. Quelques-unes sont données ci-après.