L'église Saint-Jean-des-Deux-Moulins a été construite en béton armé par l'architecte M. Cammas. C'était primitivement une chapelle que l'on érigea en octobre 1969 au statut de paroisse pour alléger la fréquentation de Notre-Dame-de-la-Gare, église voisine.
De style sobre, très moderne, elle s'insère dans les immeubles du quartier des Deux-Moulins. Contrairement à l'église Sainte-Colette dans le 19e, au style aussi moderne qu'elle, elle n'est pas encastrée au premier étage d'un immeuble, mais dispose d'un bâtiment séparé. L'entrée extérieure est ornée de deux belles mosaïques en fragments de pierre.
Saint-Jean-des-Deux-Moulins possède la particularité d'avoir un clocher à claire-voie, aisément visible depuis la rue.