Saint-Julien-le-Pauvre est considérée comme la plus ancienne église de Paris.
Au VIe siècle se dresse à cet endroit l'église d'un hospice qui accueille pèlerins et voyageurs.
Au IXe siècle, les Normands vandalisent les bâtiments qui sont cédés, vers 1120, aux moines clunisiens du prieuré de Longpont, près de Montlhéry. D'après le texte de la donation, l'église (qui est celle d'un prieuré) est dédiée à cette époque à saint Julien de Brioude et saint Julien du Mans. Plus tard, la dédicace à saint Julien l'Hospitalier dit le Pauvre évincera les deux premières.
Aucun texte ne nous renseigne sur la date de construction de l'église actuelle. Il faut l'examiner de près pour en tirer les principales étapes. On sait que les travaux, commencés vers 1170, seront très lents. La partie basse du chœur et les absidioles remontent à la fin du XIIe siècle. La partie haute du chœur suivra dans les années 1210-1220.
Il semble qu'on ait abandonné l'idée de dresser un clocher, prévu au-dessus de l'absidiole sud. La nef, bâtie entre 1220 et 1230, est couverte d'un berceau de bois et de plâtre. Deux bas-côtés voûtés d'ogives viennent l'épauler.
Une fois terminée, l'église est aussitôt choisie «comme siège des assemblées de l'université, notamment pour l'élection du recteur», écrit Maurice Dumolin en 1936 dans Les églises de France. Le prieuré connaît alors une période prospère avec près de cinquante moines.
Au XIVe siècle, quand les lieux d'enseignement passent dans les collèges, l'intérêt du prieuré décline. La décadence s'installe : les réunions se font rares ; l'édifice n'est plus entretenu, tout comme les trente-huit maisons qui en dépendent. De plus, le prieuré de Longpont, lui-même en décadence, ne peut rien assumer de sa charge.
Au XVIIe siècle, la nef de l'église est raccourcie : elle est amputée des deux travées ouest. Idem pour le bas-côté sud. Dans le bas-côté nord qui épaulait les deux travées disparues est rebâtie en sacristie. La façade romane est détruite.
En 1655, l'Hôtel-Dieu, qui doit s'étendre, se fait céder le prieurè par les moines de Longpont pour y installer les convalescents. De 1660 à 1725, ce même Hôtel-Dieu acquiert un vaste îlot dans le quartier. Il n'a plus besoin du prieuré. Dès lors, l'église sert de chapelle des Catéchismes à l'église Saint-Séverin toute proche.
À la Révolution l'édifice devient magasin à sel en 1793. En 1805, il est rendu à l'Hôtel-Dieu qui en fait un dépôt d'approvisionnement. Il est restauré en 1825 par les architectes Gou et Huvé. En encore en 1845 quand il faut reprendre l'abside en sous-œuvre.
En 1889, l'église est affectée au culte grec melchite, qui dépend du patriarche d'Antioche. À cette occasion, l'architecte Rapine procédera à d'ultimes réparations.

Vue d'ensemble de la nef.
L'église est dédiée au culte grec byzantin : il n'y a ni statue ni orgue. En revanche, une magnifique iconostase en marqueterie sépare la nef du chœur (qui demeure invisible aux visiteurs si le rideau central n'est pas ouvert).
Les vitraux reçoivent du verre blanc. Les icônes se détachent sur l'ensemble gris de la pierre.
L'église Saint-Julien-le-Pauvre est un lieu plein de quiétude qui porte au recueillement.